ผู้ที่จะเป็นเภสัชกรนอกจากจะต้องศึกษาถึงหลักเภสัชกรรมแล้ว ยังจะต้องมีคุณธรรม คือ ต้องมีจรรยาที่ดีงาม ซึ่งจะเป็นเครื่องยึดเหนี่ยวให้ประพฤติดี ปฏิบัติในทางที่ถูกที่ควรและชอบธรรม เป็นทางนำความสุขความเจริญรุ่งเรืองมาสู่ตน จรรยาเภสัช 4 ประการ มีดังนี้
2.1 ต้องมีความขยันหมั่นเพียร หมั่นเอาใจใส่ศึกษาวิชาการแพทย์เพิ่มเติม ให้เหมาะแก่ กาลสมัยอยู่เสมอ โดยไม่เกียจคร้าน
2.2 ต้องพิจาณาหาเหตุผลในการปฏิบัติงานด้วยความสะอาด ประณีต ไม่ประมาท ไม่มักง่าย
2.3 ต้องมีความซื่อสัตย์สุจริต และมีเมตตาจิตแก่ผู้ใช้ยา ไม่โลภเห็นแก่ลาภ โดยหวัง ผลกำไรมากเกินควร
2.4 ต้องละอายต่อบาป ไม่กล่าวเท็จหรือกล่าวโอ้อวด ให้ผู้อื่นหลงเชื่อในความรู้ ความสามารถอันเหลวไหลของตน
2.5 ต้องปรึกษาผู้ชำนาญ เมื่อเกิดการสงสัยในตัวยาชนิดใด หรือวิธีปรุงยา โดยไม่ ปิดบังความเขลาของตน
ความสำคัญของจรรยาเภสัชนี้ เพื่อให้เภสัชกรระลึกอยู่เสมอว่าการปรุงยา หรือผสมยา หรือการประดิษฐ์วัตถุใดๆ ขึ้น เป็นยาสำหรับมนุษย์ ต้องมีความรับผิดชอบต่อชีวิตมนุษย์ จะต้อง มีความสะอาด ประณีต รอบคอบ นึกถึงอยู่เสมอว่าเป็นสิ่งที่บำบัดโรคภัยไข้เจ็บต่อชีวิตมนุษย์ มิใช่เป็นยาทำลายชีวิตมนุษย์ ฉะนั้น เภสัชกรจึงต้องมีจิตใจบริสุทธิ์ยึดหลักจรรยาเภสัชเปรียบ เหมือนศีล 5 เป็นข้อยึดเหนี่ยวหรือเป็นกฎข้อบังคับเตือนใจเตือนสติให้ผู้เป็นเภสัชกร ประพฤติ ปฏิบัติไปในทางที่ถูกที่ควรเป็นทางนำไปสู่คุณงามความดี และนำความเจริญก้าวหน้าแห่งวิชาชีพ สืบต่อไปชั่วกาลนาน
รัชกาลที่1 พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ได้ทรง ปฏิสังขรณ์วัดโพธาราม หรือ “วัดโพธิ์” ขึ้นเป็นพระอารามหลวง ให้ชื่อว่า “วัดพระเชตุพนวิมล มังคลาราม” ทรงให้มีการรวบรวมและจารึกตำรายา ฤาษีดัดตน ตำราการนวดไว้ตามศาลาราย ส่วนการจัดหายาของทางราชการมีการจัดตั้งกรมหมอและโรงพระโอสถคล้ายกับในสมัยอยุธยา แพทย์ที่รับ ราชการเรียกว่า หมอหลวง ส่วนหมอที่รักษาราษฎรทั่วไป เรียกหมอราษฎรหรือ “หมอเชลยศักดิ์”
รัชกาลที่2 พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย ทรงเห็นว่าคัมภีร์แพทย์โรงพระโอสถสมัยอยุธยานั้นสูญหายไป เนื่องจากตอนนั้นมีสงครามกับพม่า 2ครั้ง บ้านเมืองถูกทำลายและราษฎรรวมทั้งหมอแผนโบราณถูกกวาดต้อนไปเป็นเชลย ทำให้ตำรายาและข้อมูลเกี่ยวกับการแพทย์ของไทยถูกทำลายไปด้วย จึงมีพระบรมราชโองการให้เหล่าผู้ชำนาญโรค และสรรพคุณยา รวมทั้งผู้ที่มีตำรายานำเข้ามาถวายและให้กรมหมอหลวงคัดเลือกให้จดเป็นตำราหลวงสำหรับโรงพระโอสถ และในปี พ.ศ.2359 มีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ ให้ตรากฎหมายชื่อว่า “กฎหมายพนักงานพระโอสถถวาย”
รัชกาลที่3 พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงปฏิสังขรณ์ วัดพระเชตุพนวิมลมังคลารามอีกครั้ง ทรงโปรดเกล้าฯให้มีการจัดตั้งโรงเรียนแพทย์แผนโบราณ แห่งแรก คือ “โรงเรียนแพทย์แผนโบราณวัดโพธิ์" ในงานฉลองวัดโพธิ์สมัยนั้น ทรงดำริว่าอันตำรายา ไทยและการรักษาโรคแบบอื่นๆ เช่นการบีบนวด ประคบ หมอที่มีชื่อเสียงต่างก็หวงตำราของแต่ละคนไว้เป็นความลับ ตลอดจนทรงดำริว่า การรักษาโรคทางตะวันตกกำลังแผ่อิทธิพลเข้ามาในประเทศสยาม และในเวลาอันใกล้น่าจะบดบังรัศมีของการแพทย์แผนโบราณเสียหมดสิ้น สุดท้ายอาจไม่มีตำรายาไทยเหลืออยู่เพื่อประโยชน์ของอนุชนรุ่นหลังก็ได้ จึงทรงประกาศให้ผู้มีตำรับตำรายาโบราณทั้งหลายที่มีสรรพคุณดีและเชื่อถือได้เท่าที่มีอยู่สมัยนั้น นำมาจารึกเป็นหลักฐานไว้บนหินอ่อน ประดับไว้บนผนังพระอุโบสถ ศาลาราย เสา และกำแพงวิหารคดรอบพระเจดีย์สื่องค์ และตามศาลาต่างๆ ของวัดโพธิ์ ที่ปฏิสังขรณ์ในครั้งนั้นการจารึกนี้เป็นตําราบอกสมุฏฐานของโรค และวิธีการรักษา และยังได้มีการจัดหาสมุนไพรที่ใช้ปรุงยาและหายากมาปลูกไว้ในวัดโพธิ์เป็นจำนวนมาก นอกจากนั้นได้ทรงให้ในรูปฤาษีดัดตนในท่าต่างๆ เพื่อช่วยให้ผู้ประสงค์จะฝึกตนเป็นแพทย์ หรือหาทางบำบัดตนได้ศึกษาเป็นสาธารณะทาน นับว่าเป็นการจัดการศึกษาให้กับประชาชนรูปแบบหนึ่ง ตำรายาเหล่านี้พอจะทราบกันดีในบรรดาหมอไทยว่าตำรายาดีจริงๆ นั้น คงไม่ได้รับการเปิดเผยอย่างแท้จริง แต่ก็เป็นอนุสรณ์ และเป็นโรงเรียนการแพทย์ของเมืองไทยรัชสมัยนี้มีการนำเอาการแพทย์แผนตะวันตกเข้ามาเผยแพร่โดยคณะมิชชันนารีชาวอเมริกัน โดยการนําของนายแพทย์ แดน บีช บรัดเลย์ ซึ่งคนไทยเรียกว่าหมอ บรัดเลย์ เช่นการปลูกฝีป้องกันไข้ทรพิษการใช้ยาเม็ดควินิน รักษาโรคไข้จับสั่นเป็นต้น
รัชกาลที่4 พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้นำการแพทย์แผน ตะวันตกมาใช้มากขึ้น เช่น การสูติกรรมสมัยใหม่ แต่ไม่สามารถให้ประชาชนเปลี่ยนความนิยมได้ เพราะการรักษาพยาบาลแผนโบราณของไทย เป็นจารีตประเพณีและวัฒนธรรมสืบเนื่องกันมาและ เป็นส่วนหนึ่งของวิถีชีวิตของไทย
รัชกาลที่5 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว มีการจัดตั้งศิริราช พยาบาลใน พ.ศ.2431 มีการเรียนการสอนและให้การรักษาทั้งการแพทย์ทั้งแผนโบราณและ แผนตะวันตกร่วมกันหลักสูตร 3 ปี การจัดการเรียนการสอนและบริการรักษาทางการแพทย์ ทั้งแผนโบราณและแผนตะวันตกร่วมกันเป็นไปด้วยความยากลำบาก มีการขัดแย้งระหว่างผู้สอน และผู้เรียนเป็นอย่างมาก ด้วยหลักการแนวคิด และวิธีการเรียนการสอนที่แตกต่างกัน ทำให้ยาก ที่จะ ผสมผสานกันได้ มีการพิมพ์ตำราแพทย์สำหรับใช้ในโรงเรียนแพทย์เป็นครั้งแรกในปี พ.ศ.2538 โดยพระยาพิษณุ ชื่อตำรา “แพทย์ศาสตร์สงเคราะห์ ได้รับยกย่องให้เป็นตำรา แห่งชาติฉบับแรก ต่อมาพระยาพิษณุประสาทเวชเห็นว่า ตำราเหล่านี้ยากแก่ผู้ศึกษาจึงได้พิมพ์ตำรา ขึ้นใหม่ ได้แก่ตำราแพทย์ศาสตร์สงเคราะห์ฉบับหลวง2 เล่ม และตำราแพทย์ศาสตร์สังเขป3 เล่ม ซึ่งยังคงใช้เป็นตำราทางการแพทย์มาจนทุกวันนี้
รัชกาลที่6 พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวมีการสั่งยกเลิก วิชาการแพทย์แผนโบราณ และต่อมาในปี พ.ศ.2466 มีประกาศให้ใช้พระราชบัญญัติการแพทย์เป็นการควบคุมการประกอบโรคศิลปะ เพื่อป้องกันอันตรายที่อาจเกิดกับประชาชน อันเนื่องมาจากการประกอบโรคศิลปะของไม่มีความรู้และมิได้ฝึกหัดด้วยความไม่พร้อมในด้านการเรียนการสอน การสอบ และการประชาสัมพันธ์ทำให้หมอพื้นบ้านจำนวนมากกลัวถูกจับจึงเลิกประกอบอาชีพนี้ บ้างก็เผาตำราทิ้ง
รัชกาลที่7 พระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัวได้ตรากฎหมายเสนาบดี แบ่งการประกอบโรคศิลปะออกเป็นแผนปัจจุบัน และแผนโบราณโดยกำหนดไว้ว่า
(1) ประเภทแผนปัจจุบัน คือผู้ประกอบโรคศิลปะโดยความรู้จาก ตำราอันเป็นหลักวิชาโดยสากลนิยมซึ่งดำเนิน และจำเริญขึ้น โดยอาศัยการศึกษา ตรวจค้น และทดลองของผู้รู้ในทางวิทยาศาสตร์ทั่วโลก
(2) ประเภทแผนโบราณ คือผู้ประกอบโรคศิลปะโดยอาศัยความสังเกต ความชำนาญ อันได้สืบต่อกันมาเป็นที่ตั้ง หรืออาศัยตำราอันมีมาแต่โบราณมิได้ดำเนินไปในทางวิทยาศาสตร์
รัชกาลที่9 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชมหาราช ในรัชสมัยนี้มีการจัดตั้งสมาคมของโรงเรียนแพทย์แผนโบราณ ได้ก่อตั้งขึ้นที่วัดโพธิ์ กรุงเทพฯ ในปี พ.ศ.2500 นับนั้นมา สมาคมต่างๆ ก็ได้แตกสาขาออกไป ปัจจุบันก็มีโรงเรียนแพทย์แผนโบราณที่มีการดำเนินงานอย่างต่อเนื่องอยู่เป็นจำนวนมาก ทั้งในกรุงเทพฯ และต่างจังหวัดใน ปี พ.ศ.2525 ได้ก่อตั้งโรงเรียนอายุรเวทวิทยาลัย (ชีวกโกมารภัจจ์) ให้การอบรมศึกษาด้านการแพทย์แผน โบราณแบบประยุกต์มาจนกระทั่งทุกวันนี้
